利用1mL血漿全面分析癌癥患者表觀基因組圖譜技術

        液體活檢循環腫瘤DNA（ctDNA）分析作為一種靶向檢測突變和監測癌癥復發的微創手段，在臨床腫瘤學中獲得了越來越多的關注。大多數臨床ctDNA檢測側重于基因組改變，這限制了檢測腫瘤組織其他臨床重要特征的能力，例如識別調控癌癥表型的轉錄程序及其在疾病過程中的動態變化的能力有限。

        為了克服這一限制，Dana-Farber癌癥研究所的研究團隊開發了一種利用1mL血漿全面分析癌癥患者表觀基因組圖譜的方法，該方法可提供基因表達關鍵調控因子的全方位評估：DNA甲基化、活性啟動子和活性增強子。在一項對晚期癌癥患者隊列進行的概念驗證研究中，證實該方法捕獲了臨床相關信息，例如組織學亞型、治療耐藥的表觀遺傳相關性和預后標志物的表達，可用于指導臨床治療選擇。該研究發表在Nature Medicine上，文章題為“Liquid biopsy epigenomic profiling for cancer subtyping”。 

        該研究結果表明，檢測患者血漿中的基因調控因子可以識別臨床相關的疾病表型。這項概念驗證研究的重點是轉移性癌癥，因此還需要進一步評估這種方法在大型前瞻性隊列中的效用，以及在早期疾病和非腫瘤性條件下的表現。該檢測方法只需要標準臨床采集管中1mL血漿，因此可以回顧性地應用于帶有臨床信息的樣本庫。此外，組蛋白修飾的沉積和去除是動態的，可提供基因調控的實時信息，以補充DNA甲基化。因此，該方法將使表觀遺傳變化驅動的獲得性治療耐藥性的體內研究成為可能，并允許對隨疾病進展而改變的治療靶點進行縱向評估。

原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41591-023-02605-z